Program studi Pendidikan Matematika, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Yogyakarta menerbitkan berkala ilmiah untuk memfasilitasi para pegiat bidang pendidikan matematika. Pada awal mula penerbitan jurnal ini bernama Jurnal Pendidikan Matematika dilakukan dalam bentuk cetak dan konvensional sejak tahun 2012 sampai dengan 2015. Pada tahun 2016, Jurnal Pendidikan Matematika menggunakan wadah website untuk pengelolaannya. Online Journal Submission System (OJS) yang digunakan untuk sirkulasi artikel dikelola dengan keterbatasan SDM yang ada. Sehingga, jurnal ini sempat vakum pada tahun 2019-2021. Pada tahun 2022, pengelola jurnal membangun komitmen baru untuk mengelola jurnal dengan lebih berkualitas dan berstandar nasional. Nama jurnal diubah menjadi Jurnal Pedagogi Matematika sesuai dengan ruang lingkup jurnal yang fokus pada aspek pedagogi dalam pendidikan matematika.